Студент направления «Фундаментальная и прикладная лингвистика» имеет возможность создавать индивидуальную траекторию обучения, выбирая альтернативные курсы, спецсеминары, факультативы, места прохождения практики и области специализации. Данный подход обеспечивает глубокое понимание сути междисциплинарных исследований языка.
Выбор области специализации происходит на третьем году обучения. Специализация возможна в базовых академических институтах (Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН, Институт филологии СО РАН, Институт систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН, Институт филологии СО РАН, НИИ физиологии и фундаментальной медицины), других институтах СО РАН, организациях, занимающихся лингвистическим анализом текстов, а также разработкой лингвистического программного обеспечения.
Примеры альтернативных предметов для профессиональной ориентации: обработка естественных языков, методы и алгоритмы компьютерной лингвистики, речевая дефектология, специализированный информационный поиск, управление информационными ресурсами, верстка и работа с контентом.